athena install

athena インストールのページ

計算機の準備
- OSはlxplusにあわせてRedHat7.3とします。コンパイラは今のところgcc3.2.3です。コンパイラーの参照場所が/usr/local/gcc-alt-3.2なので同じにしておきます。(mkdir objdir;cd objdir;../configre --prefix=/usr/local/gcc-alt-3.2 ; make bootstrap)
- インストールアカウントを作ります。/atlasとしたとします。.cshrcにはアリアスをセットし、コンパイラを使えるようにします。
- athena nightly released version 5 をインストールするとします。ただしこれは毎日変わるので動くときのをとって来ないと悩むことにもなる。 6.3.0の方が良いかも。
- CMTはCMTv1r14p20030620.tarをとって来て/atlas/cmtで展開しコンパイルします。
- CMTではtagがどうセットされるかが重要です。requirementsのなかの setやmacroで続きの部分は tagの値で置き換えるという意味です。
- インストールした計算機は学内のファイアーウォール内にあるが、グローバルIP番号をもらっている。京都の100MbpsWANとSINET10MbpsWANにつながっているらしい。逆参照もされている。6.3.0(7.3Gbyte)を転送したときの平均速度は400kbit/s。i845GE chipset, graphic ACC. GeForceMX400, P4 2.53GHz, HD 80Gbyte.(現在はHEPNETに移動した。)
- このAthenaのバージョンだとAtlasの現実的なG4フルシミュレーションができるかも。
- 時計をローカルタイムでも良いからしっかり合わせておかないと kerberosがつかえない。これがないとCERNのサーバーからバージョンを指定したチェックアウトができないので不便。lxplusにアカウントがあれば "kinit yourID@CERN.CH"でチェックアウトができる。CERN Linuxなので設定済だった。でも時計がずれて行くので再設定が面倒。
- 6.5.0 と7.0,7.2.0を消した。7.5.0を入れた。
- 7.7.0をいれた。POOLのincludeはSymLinkなので、ダミーの/afsを作った。java関係のライブラリが増えている以外は同じようにインストールした。
Gaudi のインストール
- mkdir -p /atlas/external/Gaudi; cd /atlas/external/Gaudi
- rsync -avz -e ssh yourID@atlas.wgs.cern.ch:/afs/cern.ch/atlas/project/Gaudi/0.12.1-beta .
- 環境変数をセットします。
- GaudiのAthenaパッケージに移動し、バイナリを作ります。
  - cdgrel
  - source /atlas/cmt/CMT/v1r14p20030620/mgr/setup.csh
  - cmt config
  - source setup.csh
  - "cmt show uses", "cmt show tags", "cmt show macros" , printenv, ExtenalLibs からライブラリの場所を見当付けてコピー。坂本さんのページ参照。
  - cmt broadcast 'rm -rf ../i686-rh73-gcc32-dbg'
  - cmt broadcast cmt config
  - source setup.csh
  - cmt broadcast gmake |& tee thismachine-gmake.log
Athena のインストール
- mkdir -p /atlas/dist/nightlies/rel; cd /atlas/dist/nightlies/rel
- rsync -avz -e ssh yourID@atlas.wgs.cern.ch:/afs/cern.ch/atlas/software/dist/nightlies/rel/atlrel_5 .
- lxplusのrequirementsではAtlasSettings というのを使っているようなのでこれに似ているDistrequirementsを使うようにセットアップする。 (アトラスセッティングはCERN用みたいなので使わないことにする。)
  - cd /atlas/dist; tar xvf AtlasSettings.tar
  - mkdir distsetup; cp Distrequirements /atlas/dist/distsetup/requirements
  - cd /atlas/dist/distsetup
  - cmt config
  - source setup.csh
- AtlasReleaseに移動し全パッケージをコンパイルする。
  - cdarel
  - cmt config
  - source setup.csh
  - cmt broadcast 'rm -rf ../i686-rh73-gcc32-dbg' 場合によってはこれをしなくても良い。そのときは再コンパイルされないので短時間で作業が終了する。
  - cmt broadcast cmt config
  - source setup.csh
  - "cmt show uses", "cmt show tags", "cmt show macros" , printenv, Extenal からライブラリの場所を見当付けてコピー。シンボリックリンクもあちこち張る。まず参考のprintenvの後ろを眺める。坂本さんのページ参照。
  - cmt broadcast - gmake |& tee thismachine-gmake.log
- 問題点
  - G4SimReleaseは動いたがSingleParticleGun,SingleParticleGunLibをコピーでもって来ている。(Simulation/GenaratorModules)->そこに入ってコンパイルしなおした。-> nightliesからとって来たパッチバージョン50と51ではSingleParticleGun ERROR service_i: can not locate service PartPropSvc これはParticlePropと言うわけの分からないパッケージを使おうとしているからか?-> 元のものもエラーを出すようになった。DllClassManager ERROR System Error: libDictionaryGeneratorDict.so: cannot open shared object file: No such file or directory
    - dist/6.2.0からパッチバージョン46をそのままダウンロード。コンパイル省略。locate libDictionaryGeneratorDict.soでSEAL をLD_LIBRARY_PATHに足せばよいと判明。やれやれ。でもなんで自動設定されないのか。コンパイルしてないせい?コンパイルしてから帰ることにする。コンパイルOK。PoolCnvSvcのみエラー。
  - libshift.soが無いといわれるので lxplus:/usr/local/libからコピーした。
- 参考
  - tagがdbgだと遅いがgdbで落ちたところが分かる。(gdb athena.exe core.xxx then where)
  - AtlasRelease でprintenvした後ろの方にソフトの入るべき場所が示されている。更にmacroで参照場所が決まる。
  - 面倒な作業なのでゆっくりやりましょう。gcc3.2でコンパイルしたものを確実にとって来る必要があります。cernlibは asisとついたdirectoryからとって来たと思います。libphotos.a関係のエラーが出てしばらくG4SimReleaseが動かなかった。
  - 結局/Generators/GeneratorModulesのコンパイルでは #library HerwigGeneratorとしてコメントアウトした。また#library PhotosGeneratorとした。ここでもpythia_6.217のコンパイルで/afs となっていた。このrequirementsのなかで。HerwigGeneratorLibはできている。この二つはコンパイルするものが違う。->これはパッチバージョン47がだめなせい。46は問題なく通る。
  - AthenaPool/PoolSvcがmysql/4.0.4-betaを指していたのを4.0.10にした。3番目の数字はパッチ番号でコンパチブルなはず。 2番目の数字は大は小を兼ねるという意味らしい。ただしxerces/2.2.2だとFADSでエラーになるのでちゃんと2.1.0を入れるべし。Gaudiが2.2.2を指定していたが、そっちはそのまま。
  - 多分AtlasSettingは使われていません。CMTCONFIGが重要でoptにするとプロダクションに使えるものになると思います。動かないものはバージョンが変わっていれば動くようになるかも。手動でコピーする。いまはAtlfast,Trigger関係がだめ。 rsyncはエラーのところだけならOK。
  - /afsはgcc2.95.2でコンパイルしていたときにdataを入れるのに使ったものでgcc-alt-3.2 ではいらない。
  - 6.2.0ではShared library で実行時に必要なものはSealを使ってシンボリックリンクが作られているようだ。ライブラリが無いというエラーには以下のコマンドが効くことがある。
  - setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/atlas/sw/lcg/app/releases/SEAL/SEAL_0_3_0/rh73_gcc32/lib
6.3.0のインストール。今度はoptバイナリを使えるようにする。
- cd /atlas/dist
- rsync -avz -e ssh yourID@atlas.wgs.cern.ch:/afs/cern.ch/atlas/software/dist/6.3.0 .
- ls -l /atlas/distで6.3.0のパーミッションが775を確認する。そうでなかったら、chmod -R 775 6.3.0 で全部のパーミッションを変更する。
- cd /atlas/dist/distsetup
- cp requirements requirements.atrel_5
- vi requirements で/atlas/dist/6.3.0を配布エリアに指定。
- 今回はもう動くことは確認済なのでCMTCONFIGは i686-rh73-gcc32-optとする。
- cmt config
- source setup.csh
- cd /atlas/dist/6.3.0/AtlasRelease/*/cmt
- cmt config
- source setup.csh
- cmt broadcast cmt config
- cmt broadcast - gmake でコンパイル済のものはそのまま使う。これだとあっという間に設定ができる。もうこれで optが使えるようになった。
6.5.0のインストール
- printenv LD_LIBRARY_PATHをlxplusや AtlasReleaseでやってライブラリを更新した。 geant4.5.2,SEAL_0_3_2,POOL_1_1_0,DataCollection/DF-00-04-03を導入した。ただしDataCollectionは /afs/cern.ch/atlas/project/tdaq/DataFlow/DF-00-04-03を使用した。(リンクされてた。)mysql/4.0.4-betaをしつこく使おうとするので 4.0.10をリンクした。
- AtlFastはだめだったみたい。後はかなりできていた。optで gmakeした。
Athena 7.2.0のインストール
- 03年12月のソフトウエア週間も近付いて来たので7.2.0をインストールすることにした。まずlxplusの7.2.0のログを見る。
- CMT v1r14p20031027をダウンロードして/atlas/cmtにインストールした。 tar zxvf xx.tar.gz;tar zxvf xxLinux.tar.gzのあとcd CMT/xx/mgr;./INSTALLとする。
- Gaudi 0.12.1.4を/atlas/external/Gaudiにrsyncした。
- rootを/atlas/sw/external/rootにrsyncした。
- xerces-cを/atlas/sw/lcg/external/XercesCにrsyncした。
- /atlas/external/Gaudi/0.12.1.4/Gaudi/*/cmt
- cmt configのあとsource setup.csh; printenv LD_LIBRARY_PATHとかでライブラリーの場所をチェック。
- cmt broadcast config; source setup.csh; cmt broadcast gmakeをしたがうまくgmakeしなかったのでcmt broadcast -global gmakeとするとうまくいった。(坂本さんのページ参照)
- athena 7.2.0を/atlas/distにrsyncした。今回はrefrcからやってみた。結構速かった。NATなのでどうなっているかは不明。
- /atlas/dist/7.2.0/AtlasRelease/*/cmtでcmt config; source setup.cshのあとprintenv LD_LIBRARY_PATHとかでライブラリのチェックをした。Gaudiが/atlas/Gaudiにあることを要求するので /atlas/Gaudiにシンボリックリンクを作成した。
- lxplusから更新しているらしいライブラリを持って来た。
- geant4.5.2_ref4を要求しているがとりあえす4.5.2にリンクした。
- cmt broadcast cmt config; source setup.csh; cmt broadcast - gmakeをして終了した。CMTCONFIGはi686-rh73-gcc32-opt。 SITEROOTは/atlas。CMTSITEはSTANDALONE。これから動作チェックをする。
- graphicsでエラーになる。 antのsetup-CMT.propertiesで/afs/cern.ch..が直接書かれているという坂本のさんのメモが気になるが大量にあるのでviで一括変換すべし。でもサボってやってない。POOLあたりでもエラーが出てたがくわしくは見てない。ぼーっと画面を見てただけ。
Athena 7.5.0のインストール
- 7.2と同じように7.5.0をインストールした。optだけmakeを通した。
- AtlasG4Simを動かしてみたら、一つライブラリがないというエラーが出た。cmt show macrosで問題のライブラリはSEALとわかって場所を見てみるとSEALがトップディレクトリにはいっていたので移動した。SEAL_1_1_0も変なところにいたが、おかしいと思って探してみても見付からなかった。
Athena 7.7.0のインストール
- Gaudiのディレクトリでconfigしたあと、ライブラリをチェックした後gmake。AtlasReleaseで同様にする。
- 7.3.0, 7.5.0でもPOOLのmakeが通ってなかった。おかしいと思ってエラーを見て行くと、POOLのincludeが/afsにSymLinkされてた。しかたがないので、ダミーの/afsを作って参照が通るようにした。 java関係のライブラリがないとエラーが出るが、当面は無視する。別の計算機でSITのpacmanを使って7.7.0をいれようとしたが途中で止まってしまった。
FADS/goofyのの使い方
- G4SimReleaseを~/fads/rel5のしたに展開。
- ~/fads/rel5にrequirementsを置いておく。
- cmt config; source setup.cshでテストエリアの設定をする。
- cd Simulation/G4Sim/G4SimRelease/*/cmtで run環境設定エリアに移動。
- cmt broadcast cmt config; cmt broadcast gmake; source setup.cshでラン環境の設定。
- cd ../run; athena jobOptions.G4Envelopes.txtで実行する。
- 詳しくはAndrea Dellacquaからのメールを見てください。
- エラーが出たら、Sealのライブラリのエリアへのパスが設定されていないので、setenv LD_LIBRARY_PATH ${LD_LIBRARY_PATH}:/atlas/sw/lcg/app/releases/SEAL/SEAL_0_3_0/rh73_gcc32/libを行います。
- 6.3.0でのSCTのシミュレーションの例
  - 以下の行をラン環境設定のrequirementsに入れて config, gmakeを行う。
  - use SctG4Geometry SctG4Geometry-* InnerDetector/InDetG4/InDetG4SCT
  - athena jobOptions.G4Envelopes.txt | & tee G4Envelopes.log
  - プロンプトで以下のコマンドを実行する。
  - control/execute atlas_envelopes.mac
  - control/execute sctgeometry.mac
  - VRMLファイルを作りたい時は以下のコマンドを実行します。
  - control/execute makesctvrml.mac
  - ステップ実行の詳細を見るには以下のコマンドを使います。
  - /tracking/verbose 1
  - シミュレーションはプロンプトを抜けることによって実行されます。
  - exit
  - log fileの実行結果を覗いてみます。そのままスクロールするかファイルをダウンロードしてlessで見ます。
  - less G4Envelopes.log; /Voxel
  - 物体定義領域のサイズは500kbyte程度になっています。ステップがセンサーのなかだと50ミクロンとか25ミクロンになっています。どのパラメータをいじっているのでしょうか?
- 6.3.0 で Inner DetectorのシミュレーションをSensitive Detectorも入れて行った例。
  - PixelとTRDをrequirementsに更に追加する。
  - config, gmakeをすると読み込まれる以下のマクロをプロンプトから実行する。pixelgeometry.mac、pixelsensitive.mac、 trtgeometry.mac、trtSD.mac
  - exitで実行してlogをチェックする。物体定義領域のサイズは1Mbyte程度になっている。
  - memory sizeをチェックする時はMemorySnooper.hをインクルードしてチェックしたいところにMemorySnooper mySnooper("End of Event");のような文を入れる。
- 6.3.0 で SCTのシミュレーションをSensitive Detectorを入れて行う。
  - ~/afads32/6.3.0で SctG4SDのtarballを展開する。
  - G4SimReleaseのrequirementsに以下の行を加える。
  - use SctG4SD SctG4SD-* InnerDetector/InDetG4/InDetG4SCT
  - SctG4SD の標準出力がVERBOSEのとき出て来るので VERBOSEの出力をみるjobOptions.txtをつかう。 G4Envelopesとおなじもの。 gmakeしてrunに移動。
  - athena MyjobOptions.txt |& tee sctSD.log
  - control/execute atlas_envelopes.mac
  - control/execute sctgeometry.mac
  - load G4PhysicsLists
  - Physics/GetPhysicsList ExN02
  - control/execute sctsensitive.mac
  - exit で走らせる。
  - tail -n 500 sctSD.log | less
  - InnerDetectorで自分で変えたいファイルを持って来ていろいろ変えて動かしてみる事もできます。
- 6.5.0でSiHitをroot ファイルに入れる。古いのはできない。
  - Davide Constanzoのを参考にlxplusで行った。PC(buatx3)でもOK。
  - ワークディレクトリを作成してrequiremntsをコピー。 setup.shを実行。
  - cmt co Simulation/G4Sim/AtlasG4Sim
  - buatx3で動かすときは、~ ryuichi/afads32/6.3.0/Simulation/G4Sim/AtlasG4Sim.tar を $HOME/afads32/6.5.0/Simulation/G4Simで展開する。
  - cd Simulation/G4Sim/AtlasG4Sim/AtlasG4Sim-*/cmt
  - Davide のとおりにInnerDetectorのSDを追加。 SiTrackerReadExample、EventSelectorAthenaRoot、 EventHdrAthenaRootも追加。
  - cmt config; cmt broadcast cmt config; cmt broadcast gmake; source setup.sh
  - Atlas.macのInnerDetectorのところだけにした。
  - cd ../run してInnerDetector.macにSDのマクロを追加。
  - jobOptions.AtlasG4Sim.txtに InDetHitAthenaRootWriteOptions.txtの行を追加。最初はどこにあるか分からなかったのでSiHitAthenaRoot_Write_jobOptions.txtにした。
  - athena jobOptions.AtlasG4Sim.txt
  - athena Read_SiHit_root.txtを実行。これで ntuple.rzができるのでpawでldirしてみる。 (InnerDetector/InDetExample)
  - Read_SiHit_root.txtはとても短いプログラムを使っているので出発点としては良い。SiHitクラスをテンポラリーに変更してPostStepPointにグローバルを入れたSiHitデータを作成して、バリデーションを行う予定。
- 6.5.0で Digitizationをしてみる。まだlxplusでしかできない。
  - Digit データを格納するプログラムができてないのでDigit データを直接解析プログラムにかけてちゃんとできているかをG3のデータと比較しているらしい。RecExCommonを使うやり方なのでトラッキングが大変。
- buatx3の6.0.3でSimon GodomskiとAwatif Berymamの TestReleaseを使ったSCT Digitizationを動かしてみる。
  - buatx3:~ryuichi/works/digitを参照する。
  - AwatifのHow to
  - buatx3で動かすときは、~ ryuichi/works/digit/TestRelease.tarをワークディレクトリで展開する。->結局動かなかった。Detector DescriptionでXMLを使っているようだが、そこで落ちる。lxplusの /afs/cern.ch/atlas/maxidisk/d62/ryuichi/digit/test600/TestReleaseでやったときにはOK。でもGoofy_hitsのntupleではlocal->global変換が行われていないようだった。(03/10/20)明日は Read_SiHit_root.txtを調べてみることにする。
- buatx3の7.3.0と7.5.0でSCTdigitizationをする。
  - ワークディレクトリを作りAtlasG4Simが動くようにする。
  - InnerDetector/InDetDigitization/SCT_Digitizationを持って来て中のコードを変えれるようにする。
  - InnerDetectorGeoSensitive.macに/control/execute sctgeosensitive.macと言う行を加える。
  - runディレクトリにSCT_DigitizationOptions.txtをコピーしてjobOptions.AtlasGeoG4Sim.txtの最後にインクルードした. txtを作って実行する。G4SimAlg.Dll = "G4PhysicsLists:GeoDetectorPlugIns";と言う行はgeomodelの最初の所になるので必要。
  - SCT_Digitizationにプリントアウトするものをいれてみる。
```
[atlas@buatx3 ]$ ls /atlas
Anaphe	cmt	 dist	   fads    Mail      ROOT	software  xerces
cern	contrib  external  geant4  packages  rsync.txt	sw
[atlas@buatx3 ]$ ls /atlas/external/
AVTOOLS		Gaudi	    herwig  LessTif  phojet  tauola
CTVMFT		Gaudibu     hijing  lhapdf   pythia  xerces-c
DataCollection	Gaudisetup  isajet  MySQL    PyXML
[atlas@buatx3 ]$ ls /atlas/sw
contrib  java  lcg  lhcxx	packages  root	ROOT
[atlas@buatx3 ~]$ ls /atlas/sw/packages/
AIDA  Boost  cern  CLHEP  GSL  HTL  Python  Xerces-C
[atlas@buatx3 ]$ ls /atlas/sw/lhcxx/specific/rh73_gcc32/
CLHEP  ConditionsDB  HepUtilities  HTL	Qt
[atlas@buatx3 ~]$ ls /atlas/sw/lcg/external/
expat  mysql  mysql++  uuid  XercesC
[atlas@buatx3 ~]$ ls /atlas/sw/lcg/app/releases/
POOL  SEAL
[atlas@buatx3 ~]$ ls /
afs    bin   cern  etc	 initrd  lost+found  mnt  proc	sbin   tmp  var
atlas  boot  dev   home  lib	 misc	     opt  root	tests  usr
```